南科2019年營業額為7,432.36億元，較2018年減少6.59%。其中，積體電路產業因擁有完善先進製程技術，具備國際競爭力，營業額4,528.01億元為最大宗，另外，光電產業營業額2,120.76億元居次，面板廠商積極發展高階技術及開拓車載等利基產品，期提升未來成長動能，並將電視整機廠(模組廠)遷回台灣，運用ＡＩ智能自動化製造、提升前瞻技術研發能量，以節省成本，強化競爭力。此外，受惠美中貿易戰，台商回台投資效應，電腦及周邊產業(成長率764.75%幅度為最高)及通訊產業(成長率67.87%居次)之營業額皆大幅成長。另出口值為4,250.75億元、進口值為1,940.67億元，合計整體貿易總額為6,191.42億元，較2018年增加17.77%，全年出超金額為2,310.08億元。
一、發展重點產業聚落
在半導體產業聚落方面，南科廠商持續擴產中，台積電於台南園區投入5奈米先進製程，已於2019年完成試產，預計2020年上半年將陸續量產。另台積電3奈米製程亦於2020年開始於台南園區建廠，預計2022年開始量產，3奈米製程預估投資金額7,000億元，未來3年內可增加4,000個就業機會。隨著AI、物聯網和5G應用時代來臨，產品未來將會運用在行動裝置、高效能運算、汽車電子及物聯網等領域，預期將能推動南科半導體產業新一波成長動能；華邦電於高雄園區投資3,350億元，目前依規劃進度持續建廠，預計2022年投產營運，未來該廠將導入25奈米製程技術，產品以「利基型隨機動態存取記憶體」和「快閃記憶體」為主，滿足未來於物聯網、智能系統，以及工業自動化領域等產業趨勢的需求；美商應用材料公司投入30億元在台南園區設立第二座顯示器製造中心與研發實驗室，已於2019年6月5日正式開幕，將協助客戶技術創新，預期帶來就業機會並扶植在地設備供應鏈成長。
在生醫產業聚落方面，南科自2017年推動「南部智慧生醫產業聚落推動計畫」，截至2019年止，投入生醫產業有效廠商共82家，投資額276億元，就業數3,199人，2019年營業額91.86億元，其中，醫療器材產業在計畫之大力支援下，2019年持續穩定成長達12%。並獲多項產品認證，包括人工牙根通過衛生署查驗登記5家、優良製造標準GMP 38家、獲「生技新藥產業發展條例」資格審定14家、TFDA認證38家、FDA認證17家；CE認證23家。此外，2019年為南科生醫聚落10年有成，整合軟硬體元素建置全新南科智慧生醫旗艦館，其展示場域更多元、多面向；持續協助廠商突破國際市場通路，並積極配合新南向政策組成南向國家體驗行銷聯盟，設立馬來西亞營運據點1處，進駐廠商12家產品(包含牙科及醫美)，除設立展示中心外，更與當地高端牙科診所KLIDC合作開設工作坊(Work shop)，結合當地教學資源，深根當地牙醫培育；以教育包裝MIT產品，紮根國產國用，進而拓展國際市場，首次整合台大、陽明、北醫、中山醫以及高醫共同推動MIT醫材教育訓練中心；建構南科生醫創新創業生態系，成立國際級創新醫療器材加速器(TransMedx)，集結國內外專家籌組顧問團隊，包含：史丹福大學醫學院心血管臨床醫師、前Cordis研發副總裁、上傑洋顧問公司等，導入STB計畫輔導資源給予新創公司一對一法規、資金媒合、專利智財等輔導，協助引入國際創投資金媒合及技術合作。
在航太產業聚落方面，為提升南部航太產業之國際供應鏈位階(Tier N-1)，使南台灣成為亞太地區航太關鍵發動機模組件、機體結構系統件、航空電子或內裝產品等之重要供應據點，南科自2017年起推動「南科航太關鍵系統技術升級推動計畫」，截至2019年共促成9家航太廠商達成供應鏈位階提升、3家廠商進駐園區；促成廠商投資29.06億元、增加產值新台幣13.7億元、增加就業906人、取得認證82項；促成國際合作15案、產學合作10案、企業實習46人、人才培育281人、人才培訓878人。
在智慧製造產業聚落方面，南科自2017年起推動「南科智慧製造產業聚落推動計畫」，鼓勵產學研醫合作發展創新技術、提升製程自動化程度，並經由智慧製造服務平台及3D列印示範場域，加速廠商產品開發，進而打造南科智慧製造產業聚落、厚植南科園區3D列印能量。南科建置之3D列印醫材智慧製造示範場域已獲得ISO 13485認證並取得工廠登記，可協助國內醫材廠商從設計、試製到商品化代工一條龍生產，並已具備自主營運能力，已評估衍生成立新創公司。另截至2019年已促成產學研醫自行或共同研發關鍵技術累計共15案，以提升廠商製程自動化、增強產業競爭力，並已引進7家廠商進駐園區，投資金額達8.3億元，協助9家廠商進行智製技術研發計畫，預計可提升產值約14.4億元。
二、深耕創新創業
在科技部推動人工智慧（AI）政策下，自2017年起，結合南部科學園區產業聚落之優勢，打造「南科AI_ROBOT自造基地」，以向下扎根、向上提升、向外延伸為策略，共同投入專業人才培育養成及智慧技術開發，並導入加速器。南科AI_ROBOT自造基地所推動的AI新創輔導加速器，在2019年的輔導多組新創與大企業合作，南科為新創提供試驗場域、輔導資源、商業模式規劃、媒合投資等服務，亦不斷協助新創團隊開拓通路與商機媒合，成功協助新創團隊獲得南科廠商訂單292.4萬元，並促成新創公司獲得投資機構及天使投資人共計投資6,090萬元。
2019年辦理「FRC種子團隊及教師培訓營」，促成3隊晉級FRC 2019區域賽決賽。台灣代表隊國立南科實驗高級中學FRC6998團隊3月前往美國夏威夷比賽，獲小英總統在夏威夷接見打氣，夏威夷州政府特派駐臺北辦事處雷均處長代表頒授學生大使證書，有助於促進國民外交、提昇國家形象。
無人機技術發展已列為「南科AI_ROBOT自造基地」重點扶持之產業，在2019年舉辦群飛展示演出及未來將舉辦的無人機群飛競賽，包括2月月津港快閃表演(50台) 、4月台南鹿耳門聖母廟媽祖誕辰(100台)、7月金門夏日音樂季(100台)、11月舉辦5場「第0屆無人機群飛競賽」(150台)、12月安平古堡宣導預防愛滋活動(100台)，使2019年成為台灣群飛發展的開端。未來將透過人才的培育、支持軟硬體技術開發，辦理人才培訓及舉辦國內無人機競賽，激發更多人的興趣及學習，整合國內上中下游產業鏈，擴大無人機在各領域應用，進一步發展無人機生態系，有系統地提升國內無人機產業的競爭力。
三、永續環境獲獎
南科資源再生中心，繼2017年榮獲環保署頒發「企業環保獎」榮譽獎座之後，今年更上一層樓，再獲頒巨擘獎之殊榮，為科學園區首例，更是全國產業園區首家獲頒「國家企業環保獎巨擘獎」的廢棄物處理機構。另南科管理局經勞動部職業安全生署評定為2018年度勞動檢查機構績效【特優】，為園區提升勞動檢查機構之執行效能、減少職業災害、健全勞動檢查的實質肯定。另，園區於2019年獲行政院國土安全辦公室舉辦之關鍵基礎設施防護演練特優殊榮。
展望未來，因應科學園區設置管理條例修法，刪除「工業」2字，宣示科學園區不再以工業生產為目的，組織法亦接續修正公布，更展現園區引進多元創新科學事業進駐之企圖心，南科管理局將更積極協助產業創新與轉型，提升廠商競爭力，以「引導新創轉型」、「增進產業價值」、「擴大園區領域」、「建構人才平台」、「建立示範場域」、「提升生活機能」作為努力方向，以期成為全球最有價值的科學園區。